80年代初秦晖主要研究农民史(土地制度史与农民战争史)。自80年代后期他转向研究经济史(主要为古代商品经济史及中外比较经济史)。 90年代他致力于结合历史研究与现实研究，在结合社会调查与历史文献分析的基础上建立农民学；包括狭义农民学(对农民。农业与农村社区的研究)与广义农民学(农民国家、农业文明与传统社会及其演进、改革与现代化的研究)。他主持了一系列乡村调查，主编了《农民学丛书》首批六本。

　　秦晖主持过国家社科基金项目"现代化中的农民群体研究"， 1992年他获得中国高校教师霍英东奖金。近年来，秦晖在对中国与东欧改革前经济与社会的不同模式进行实证分析的基础上，重新比较和解释了中国与东欧改革的不同进程。并提出了以"契约转换"为核心的转轨经济学理论。他既反对以"交易成本最小化"来解释改革的新制度学派观点，也反对以批判"货币主义陷阱"和"市场万能论"为特色的"后华盛顿共识"对中国改革的解释。他认为到目前为止中国改革的"成功"和东欧改革的"失败"既不能归因于姓"社"姓"资"，也不能归于渐进、激进，更不能归因于以强权压制公共选择来减?quot;交易成本"。他主张区分改革前的两种"非市场经济"类型，即工业文明时代以最优化数理方法为基础的理性主义"科学计划"经济，和农业文明时代以统治--服从关系为基础的浪漫主义"命令经济"，以及区分改革前的两种社会体制，即保护-束缚功能对称的"和谐共同体"，和功能不对称的"不和谐共同体"。对改革的目的，无论是效率改进还是公平改进而言，脱离上述两种类型都是完全不同的问题。脱离"科学计划"要付出效率损失，而脱离"命令经济"无须付出此种损失。脱离"和谐共同体"的过程要实现帕累托改进是一个相当复杂的问题，而脱离"不和谐共同体"则只是一个放弃"负帕累托改进"的简单问题。但这种不同对改革进程的影响有时效性，因此中国与东欧转轨的成败还远不到下结论的时候，而改革模式的选择仍是个尖锐的问题。在此基础上他对农村改革、国企改革、股份制和证券私有化等问题都进行了比较研究和案例调查。他认为经济转轨的实质是契约转换，其核心问题是交易权利的公正分配而不是"交易成本"的减小，是公共领域的改革而不是私人领域的改革。这里不存在效率与公正的悖论，而从获得的公正走向交易的公正，还是从权家通赢走向赢家通吃，才是真正的选择所在。

　　作为历史学者，秦晖的研究历程始于1978年，当年他成为文革后首届研究生，方向是"土地制度与农民战争史"，关注的时代则在明清。此后二十多年来他的视野不断拓展，主要研究方向先后为：明清农民战争、明清经济、古代社会形态、封建社会形态、商品经济史、农业-农民史、地域史(关中、云南等)、改革、革命与现代化问题的中外历史比较，作为比较对象的古代希腊罗马社会经济、近代俄国与美国史、现代南非史等。

　　目前研究的重点：历史与现实中的农业-土地-农民问题，前工业社会的不同模式、农民社会现代化的不同模式。

　　在大学(陕西师范大学与清华大学)开设过的课程有：中国经济史、古典商品经济、计量史学概论、农民学、明清关中农村经济与社会、封建社会形态学、农民社会现代化(中、西、俄之比较)、明清史、中国古代史等。

　　曾获：中国高校教师霍英东奖(1991年)、陕西省社会科学成果奖(1990年)、五次获陕西师大科研成果综合奖(1987年、1988年、1991年、1993年、1994年)、陕西师大青年优秀论文奖(1989年)等。

　　个人承担并完成了七。五国家社科基金项目《田园诗与狂想曲》；参加国家六。五--七。五规划的历史学科重点项目多卷本《清代全史》与《清史人物传稿》，以及陕西省社会科学重点项目十卷本《陕西通史》等。